Roya asiática de la soja: dos linajes globales y su significado para el manejo
La dispersión de los linajes identificados no es geográfica sino temporal
La roya de la soja, causada por el hongo patógeno Phakopsora pachyrhizi, es una enfermedad agresiva de la soja y otras leguminosas. Esta enfermedad afecta negativamente la producción de soja, causando pérdidas de rendimiento de hasta el 80 % en condiciones ambientales favorables para su desarrollo. El control y el manejo de la enfermedad son particularmente difíciles debido a la alta variabilidad en los niveles de virulencia del patógeno y la posible presencia de múltiples variedades patógenas.
Un análisis genómico global de Phakopsora pachyrhizi, muestra que la diversidad del patógeno se organiza principalmente en dos grandes linajes evolutivos. Esta arquitectura poblacional, con fuerte señal temporal más que geográfica, redefine cómo pensar la vigilancia, las fuentes de resistencia y la aplicación de fungicidas. El estudio fue publicado en Fungal Genet. Biol. (2025) y estuvo orientado a entender cómo se organizan y cambian las poblaciones del hongo a escala global y a lo largo del tiempo.
El equipo utilizó datos del genoma completo de 45 aislamientos recolectados entre 1972 y 2017 en diversas regiones geográficas a nivel mundial para reconstruir la historia evolutiva y la estructura poblacional del patógeno. Además, se caracterizaron los genes de compatibilidad sexual MAT (mating-type) en tres aislamientos, para investigar el sistema de compatibilidad sexual y su posible rol durante la infección. A partir de la secuenciación genómica se construyeron filogenias y se evaluó la estructura poblacional.
El análisis filogenético molecular infirió dos linajes evolutivos distintos estructurados dentro de una escala temporal: Pp1, que agrupó los aislamientos del período 1972–1994; y Pp2, constituido por los aislamientos más recientes. Pp1 exhibió altos niveles de diversidad genética, mientras que Pp2 mostró una marcada clonalidad, con menor diversidad.
No se observó una estructura genética espacial a gran escala dentro de cada linaje., probablemente a causa de la propagación generalizada de las esporas clonales de P. pachyrhizi en las regiones productoras de soja.
Dos aislados independientes, TW72-1 y AU79-1, mostraron niveles moderado de mezcla genética, compatible con hibridación somática ocasional entre los dos linajes de P. pachyrhizi.
La detección de múltiples genes MAT y su alta expresión en fases tardías de infección apoyan la existencia de un sistema sexual tetrapolar de dos loci no ligados, típico de basidiomicotas. Esto implica que existe potencial de recombinación, lo que puede generar nuevas combinaciones genéticas a campo.
No hubo correlación clara entre perfiles de virulencia y linajes. Pertenecer a Pp1 o Pp2 no predice por sí mismo la agresividad frente a fuentes de resistencia.
Los autores interpretan que dada la clonalidad de Pp2, la coexistencia de dos linajes, la posible recombinación y el desacacople entre linaje y virulencia, hay un riesgo teórico de fijación rápida de variantes menos sensibles si se ejerce presión química homogénea. A partir de ahí sugieren de forma general estrategias como rotación de modos de acción o piramidación de genes R y validar en campo cada campaña.
La integración de 45 genomas a lo largo de cuatro décadas y múltiples regiones ofrecería una base sólida para entender la macro-estructura de P. pachyrhizi. Conectar la información genómica con bioensayos de virulencia y sensibilidad a fungicidas por región permitirá priorizar genes R y ajustar programas químicos frente a la evolución del patógeno.