Un atlas genético logra identificar rasgos clave de bovinos
Los resultados incluyen una amplia variedad de genes y su influencia en los tejidos y tipos de células.
imagen: Gerd Altmann en Pixabay
El análisis de transcriptomas de tejidos y células bovinos permitió identificar genes específicos de características del ganado.
Un catálogo de DNA del ganado bovino destaca los genes vinculados a importantes características del animal, incluidos la fertilidad, la producción de leche y el crecimiento.
El Roslin Institut, perteneciente a la Escuela de Veterinaria de la Universidad de Edinburgh (University of Edinburgh’s Royal (Dick) School of Veterinary Studies) llevó a cabo el trabajo en colaboración con organismos y empresas privadas de China y EE. UU.(China Agricultural University, USDA ARS, University of Maryland, Acceligen).
Los investigadores construyeron el atlas del genoma combinando 156 datos de secuenciación de RNA, generados por la técnica RNA-seq, con datos publicados previamente. Se analizaron un total de 723 transcriptomas de 91 tejidos y tipos de células bovinas con el fin de identificar genes tejido-específicos.
Los resultados demostraron que los genes tejido- específicos están significativamente asociados con la biología relevante de tejido, mostrando una menor metilación, mayores eventos alternativos de splicing y edición de RNA, además de patrones evolutivos dirigidos por el tipo de tejido.
A través de análisis integradores de esos genes tejido-específicos con estudios de asociación del genoma completo de 45 rasgos complejos del ganado, se detectaron tejidos y tipos de células relevantes para ciertos rasgos, como el cerebro para la producción de leche, la sangre y el sistema inmunológico para la fertilidad del macho y múltiples tejidos relacionados con el tamaño del animal.
Mediante la incorporación de genes específicos de tejido en modelos de predicción genómica, mejoraron la precisión de predicción en un promedio de 0.03 para los rasgos de producción de leche en el ganado.
RNA-Seq es una técnica de secuenciación de próxima generación (Next Generation Sequencing-NGS) para revelar la presencia y cantidad de ARN en una muestra biológica analizando el transcriptoma celular en un momento dado.
La NGS o secuenciación de alto rendimiento, se basa en diferentes tecnologías de secuenciación que permiten la secuenciación de ADN y ARN de forma mucho más rápida y económica que la secuenciación de Sanger utilizada anteriormente, y como tal revolucionó el estudio de la genómica y la biología molecular. NGS ha sido el instrumento para la secuenciación de genomas completos de animales y plantas y microorganismos, incluido el genoma humano.
El atlas puede proporcionar a científicos e industria un instrumento para comprender las bases biológicas y genéticas de ciertos rasgos agronómicos y aplicarse en la selección genética. Según los autores, es la mayor colección pública de genes bovinos en un atlas hasta la fecha.